Die Riesenorgeln im Ulmer Münster brachte wegen Abrechnungsschwierigkeiten EFW viel Ärger ein, den er nicht schnell verwand. Dafür wurde er sehr herzlich in Agram behandelt. Dort steht noch sein originaler Zweitspieltisch, aber auch die übrige Orgel ist von seinem Geist durchwoben. Wie wir wissen ist auch in der Ulmer Orgel noch erhebliches Pfeifenmaterial von ihm spielbar eingebaut. Wie Rupp in einem Artikel der Urania um 1880 schrieb, sollen in Ulm über 12 Kalkanten ihren Dienst versehen haben, was aber nicht ausgereicht hat, dem Pedal der Orgel genügend Druck zu verschaffen. So musste EFW den Winddruck senken. Die Orgel wurde durch Umbaumaßnahmen an den Westtürmen gegen 1890 von seinen Söhnen erheblich umgebaut.